อำเภอเมือง มีพื้นที่ทั้งหมดประมาณ 231.810 ตารางกิโลเมตร มีแม่น้ำตาปีไหลผ่านจากทิศใต้ของอำเภอไปลงทะเลทางทิศเหนือที่อ่าวบ้านดอน แบ่งพื้นที่ออกเป็น 11 ตำบล คือ ฝั่งขวาของอำเภอเมืองเป็นที่ดอน พื้นที่บริเวณนี้เป็นแหล่งเศรษฐกิจหลักของอำเภอ และเป็นศูนย์กลางการปกครองของจังหวัดสุราษฎร์ธานี ได้แก่ เทศบาลวัดประดู่ ตำบลขุนทะเล ตำบลตลาด และตำบลมะขามเตี้ย ส่วนฝั่งซ้ายเป็นที่ราบลุ่ม เป็นที่ตั้งของตำบลบางชนะ บางโพธิ์ บางใบไม้ บางไทร คลองน้อย และคลองฉนาก พื้นที่บริเวณนี้จึงเกิดคลองขึ้นเองตามธรรมชาติหลายสายติดต่อกันเป็นร่างแห จึงเรียกกันว่า "คลองร้อยสาย"